就当初利玛窦跑到大明朝来，经历也是很坎坷的。
1583年9月10日，利玛窦与罗明坚进入中国，求得知府王泮的允许，在崇禧塔旁修建了一座带有教堂的小房子，在肇庆建立了第一个传教驻地。
利玛窦出版了第一份中文世界地图，并用中文和罗明坚起草了第一部《祖传天主十诫》。经过了几次尝试，利玛窦和罗明坚没能建立起新的驻地，罗明坚被教皇召回罗马安排教皇使节去见中国皇帝，而利玛窦和麦安东神父继续留在肇庆。
1584年利玛窦获准与罗明坚神父入居广东肇庆。他们对中国官员自称来自“天竺”，致使中国人以为他们是佛教徒。
利玛窦解释来中国的原因：“我们是从遥远的西方而来的教士，因为仰慕中国，希望可以留下，至死在这里侍奉天主。”他不敢直接回答传教的目的，否则他可能会被驱逐。
为了传教，他们从西方带来了许多用品，比如圣母像、地图、星盘和三棱镜等。其中还有欧几里德《几何原本》。
利玛窦带来的各种西方的新事物，吸引了众多好奇的中国人。特别是他带来的地图，令中国人眼界大开。
进入了中国的利玛窦对中国文明非常称赞，除了还没有沐浴“我们神圣的天主教信仰”之外，“中国的伟大乃是举世无双的”“中国不仅是一个王国，中国其实就是一个世界。”
他感叹“柏拉图在《共和国》中作为理论叙述的理想，在中国已被付诸实践。”
而且他还发现中国人非常博学，“医学、自然科学、数学、天都十分精通。”
但是他也发现“在中国人之间科学不大成为研究对象。”
1584年8月，利玛窦在肇庆建立了“仙花寺”，开始传教工作。起初传教十分低调。神父们行事小心谨慎，主要精力都在学习汉语和中国的礼节习俗，以博得中国人尤其是官员们的信任。他们身穿佛教僧侣的服饰，认为这样能够博得人们的好感，而且他们也觉得这与天主教神父的装束相差不大。这也使中国人更加相信他们是远道而来的僧人。他们在这里挂上了圣母玛利亚的画像，许多士人官吏，甚至僧人都来跪拜，他们感到非常兴奋。但是从中国人的角度来讲这更多是出于礼节性的，而没有宗教意义。也有记述说，他们担心中国人看到玛利亚的画像会误认为他们的神是女性的，而改挂了基督像。
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